L'EMDR è un approccio complesso ma ben strutturato che può essere integrato nei programmi terapeutici aumentandone l'’efficacia. Questa metodologia utilizza i movimenti oculari o altre forme di stimolazione alternata destro/sinistra, per ristabilire l’'equilibrio eccitatorio/inibitorio, provocando così una migliore comunicazione tra gli emisferi cerebrali. Si basa su un processo neurofisiologico naturale, legato all’'elaborazione accelerata dell’'informazione.

Considera tutti gli aspetti di una esperienza stressante o traumatica, sia quelli cognitivi ed emotivi che quelli comportamentali e neurofisiologici.

L'EMDR vede la patologia come informazione immagazzinata in modo non funzionale e si basa sull'’ipotesi che c’è una componente fisiologica in ogni disturbo o disagio psicologico. L'EMDR considera tutti gli aspetti di una esperienza stressante o traumatica, sia quelli cognitivi ed emotivi che quelli comportamentali e neurofisiologici: quando avviene un evento ”traumatico” viene disturbato il naturale equilibrio eccitatorio/inibitorio  necessario per l’'elaborazione dell'’informazione.  
Si può affermare che questo provochi il ”congelamento” dell’'informazione nella sua forma ansiogena originale, nello stesso modo in cui è stato vissuto. Questa informazione ”congelata” e racchiusa nelle reti neurali non può essere elaborata e quindi continua a provocare patologie come il disturbo da stress post traumatico (PTSD) e altri disturbi psicologici.  

I movimenti oculari saccadici e ritmici usati con l’immagine traumatica, con le convinzioni negative ad essa legate e con il disagio emotivo facilitano la rielaborazione dell'’informazione fino alla risoluzione dei condizionamenti emotivi. Nella risoluzione adattiva l'’esperienza è usata in modo costruttivo dalla persona ed è integrata in uno schema cognitivo ed emotivo positivo.

Le ricerche condotte su vittime di violenze sessuali, di incidenti, di catastrofi naturali, ecc. indicano che il metodo permette una desensibilizzazione rapida nei confronti dei ricordi traumatici e una ristrutturazione cognitiva che porta a una riduzione significativa dei sintomi del paziente (stress emotivo, pensieri invadenti, ansia, flashbacks, incubi).
Infatti, questa nuova forma di psicoterapia è stata rivolta inizialmente al trattamento del Disturbo Post Traumatico da Stress (PTSD), ma attualmente è un metodo ampiamente utilizzato per il trattamento di varie patologie e disturbi psicologici.

L'EMDR è usato fondamentalmente per accedere, neutralizzare e portare a una risoluzione adattiva i ricordi di esperienze traumatiche che stanno alla base di disturbi psicologici attuali del paziente.

Queste esperienze traumatiche possono consistere in: